Es misión del IMESEX formar profesionales éticos, con visión humanista, que investigan y difunden conocimientos científicos en el campo de la sexualidad humana. Asimismo, es prioridad de esta institución, generar modelos de estudio en materia de sexualidad encaminados a la apreciación y respeto por la diversidad, los derechos y la dignidad humana.
Visión
El Instituto Mexicano de Sexología es la institución reconocida a nivel internacional por el liderazgo y prestigio de su egresados en materia de sexualidad y por la investigación sexológica que realiza, así como por el desarrollo académico que impulsa para generar conocimientos en el campo de la educación de la sexualidad humana al profesionalizar actores capaces y competentes. El Instituto Mexicano de Sexología participa activamente en los esfuerzos nacionales dirigidos a mejorar la calidad de la educación de la sexualidad en México.
Valores
El humanismo es la clave laboral de nuestro quehacer, e incluye: el respeto a todas las formas de pensar y actuar; la responsabilidad con uno mismo y la consecuencia de sus acciones, y una actitud de compromiso y confianza hacia los otros y las otras en la toma de decisiones; la tolerancia, entendida como el ejercicio de la aceptación y convivencia con las y los diferentes en forma proactiva y no sólo como una casi aceptación mediatizada; y el amor entendido en su expresión más inclusiva como la búsqueda en coadyuvar al bienestar de las otras y los otros.